(一)办公室。负责机关日常运转，重要事项督查督办，承担机关文秘、会务、机要、档案、保密、政务公开、信息、宣传、办公网络、目标管理、机关后勤服务、综合治理等工作；承担机关来信来访接待和处理工作，指导所属单位信访稳定工作。承担重要会议的筹备和重要报告、综合性文件的起草；承担计划生育、帮乡扶贫等工作。
(二)法治科。承担交通法治建设和法规宣传、教育工作，监督、指导交通政策法规的贯彻执行；承担本机关作为被申请人的行政复议工作，承担行政应诉工作；管理、指导交通行业的执法监督和执法队伍建设和规范性文件合法性审查工作；承担运政、航政、港政管理和治理公路、水运“三乱”工作；统筹协调交通运输行业信用体系建设。
(三)政工科。承担机关和所属单位干部人事、劳动工资、福利、保险、优抚、机构编制、体制改革工作；指导交通运输行业人才队伍建设和培训教育工作；承担离退休人员的服务管理工作；承担机关公务员、所属单位专业技术人员的职务、职称管理工作；承担机关及所属单位党的建设、党风廉政建设、统战、工会、共青团、妇联、精神文明等工作。
(四)财务科。制定全区交通行业财务管理制度并监督实施；承担交通行业资金管理、财务监督检查、预算、决算、政府采购等有关事宜；负责行业国有资产的监督管理和行业内部审计；组织全区交通系统会计人员培训和会计队伍建设。
(五)规划计划科。组织和平衡全区综合交通规划、计划的编制并监督实施；组织拟订和综合平衡交通行业中长期规划、年度计划和投资计划；组织交通项目建设的前期工作及审查和工程后评估工作；负责港口和港航设施建设使用岸线的布局规划及审批；组织招商引资和开展区际间的经济技术合作和交流工作；承担交通行业固定资产统计分析工作。
(六)建设管理科。贯彻执行全区交通基础设施建设管理有关法律法规、政策、技术标准；归口管理全区地方公路、桥梁、隧道、码头等交通基础设施工程建设项目；指导公路定额和质量监督工作；承担地方公路建设项目的施工许可、竣工验收等建设管理工作。
(七)公路养护科。编制全区公路管理养护计划，监督、督促公路管养部门实施；指导和协调全区公路路政监督管理工作；督促检查、指导全区公路及设施的养护维修、绿化美化和防洪抢险、水毁恢复工作；监督公路养护企业及从业人员养护资格审查、监督公路养护部门养护工程招投标工作。
(八)综合运输管理科。监督指导全区交通运输行业管理工作；协调组织全区公共客运、公路、水路、铁路、民航等运输方式的衔接工作；协调组织重点物资、紧急客货运输调控和春运工作；监督指导车船维修市场、车船租赁市场、水陆运输服务市场、搬运装卸市场的行业管理和水陆运输企业资质审查报批工作；监督指导公路营运线路、公路客运站场、渡口码头管理工作；承担交通战备工作；承担渔业船舶检验监督管理和行业指导等工作。
(九)安全监督科。组织拟订本单位安全生产责任制、安全生产年度监督检查计划并监督实施；监督指导交通行业安全生产工作；统筹协调推动交通行业安全生产宣传、培训工作；制定交通行业安全生产目标考核办法，并组织工作考核；组织、协调和指导交通行业突发事件应急处置工作和生产安全事故救援工作；参与交通行业安全生产事故的调查、处理。
(十)行政审批科。负责全区交通系统行政审批制度改革及相关行政审批业务工作。按照“三集中、三到位”的要求，相对集中全区交通系统有关行政审批事项的受理和审批，组织协调相关事项的论证、审查等工作；组织推进机关行政审批服务便民化、标准化和相关电子政务工作。
(十一)铁路办。编制全区铁路建设发展规划，开展铁路前期项目工作；编制全区铁路线网和铁路专项规划；协调推进全区铁路项目建设；协调推进铁路建设项目属地安全管理以及地方铁路安全的行业监督管理工作；协调管理铁路运输工作。
(十二)民航办。编制全区民用航空和通用航空发展规划；协调推进机场建设管理有关工作；协调管理民航运输工作。
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